زگیل واژن یا مقعدی در دسته ی بیماری های پر نشانه قرار دارد و با علائم و نشانه های مشخصی همراه است در نتیجه با انجام یک معاینه ی روتین و ساده توسط پزشک متخصص به راحتی قابل تشخیص می باشد.
اما گاهی ممکن است فرد به ویروس HPV مبتلا شده و ناقل آن است ولی علائم و نشانه های ظاهری آن را مشاهده نمی کند.همچنین در برخی موارد زگیل های تناسلی در نواحی داخلی بدن به طور مثال داخل واژن و مقعد ایجاد شده و به راحتی قابل رویت نیستند.
از طرفی برخی زائدات و عفونت های پوستی شباهت ظاهری زیادی با این عفونت دارند. از این رو بهترین و قطعی ترین روش تشخیص این بیماری انجام تست های آزمایشگاهی است. به طور کلی تمامی روش های تشخیص بیماری زگیل تناسلی، مقعدی و واژن بر پایه ی نمونه برداری انجام می شود.
روش نمونه برداری برای تشخیص این بیماری مورد استفاده قرار میگیرد. نمونه برداری یا بیوپسی به برداشتن تکه ای کوچک از زائدات پوستی میگویند که برای بررسی به آزمایشگاه فرستاده می شود.
یک نمونه برداری صحیح و اصولی از زگیل ها باید تیپ ویروس HPV را به طور دقیق و واضح مشخص کند که از چه نوعی می باشد.
برای نمونه برداری از دو روش زیر استفاده می کنند.
تست پاپ اسمیر یکی از معروف ترین و دقیق ترین تست های تشخیصی برای بررسی سرطان های دستگاه تناسلی زنان و زگیل واژن است که احتمال وجود ویروس HPV را مورد بررسی قرار میدهد. انجام سالیانه ی این تست به تمامی زنان بالای 35 سال توصیه می شود.
در روش پاپ اسمیر با کمک دستگاهی به نام اسپکولوم دهانه ی رحم را باز می کنند و با کمک برس استریل و مخصوصی از دیواره های رحم و واژن نمونه برداری های کوچکی انجام می دهند و برای بررسی به آزمایشگاه ارسال می کنند. (این تست فقط مخصوص زنان است.)